100% 자회사를 흡수합병할 때 법인세법 제44조 2항을 검토하지 않고 4항만 검토하면 되는가?

100% 자회사를 흡수합병할 경우에도 법인세법 제44조 2항(피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받는 규정)과 제44조 4항(합병 후 발생할 수 있는 사유에 따라 적격합병 특례가 취소되는 경우) 모두 검토해야 합니다.

• 제44조 2항은 합병법인이 피합병법인의 자산을 ‘장부가액’으로 양도받은 것으로 보게 하는 기본 규정이며, 장부가액과 시가 차액을 어떻게 회계·세무상 계상할지(예: 차액을 익금·손금에 산입) 를 정합니다. 100% 자회사라 하더라도 이 규정에 따라 자산의 취득가액이 결정되므로 무시할 수 없습니다.
• 제44조 4항(정확히는 제44조 제2항 제4호 및 제44조의3 제3항에 해당)은 합병 후에 ‘사업 폐지·주식 처분·고용 감소’ 등 특정 사유가 발생하면 적격합병 특례가 소멸하고 양도손익이 과세될 수 있음을 규정합니다. 100% 자회사 합병이라도 이 사유가 발생하면 특례가 취소될 수 있으므로 반드시 확인해야 합니다.
• 다만, 법인세법 제44조의3(제3항)에 따라 ‘완전모회사와 완전자회사(또는 100% 자회사) 간의 합병은 사업의 계속성 요건 등을 적용하지 않아 적격합병으로 간주됩니다. 이 경우에도 제44조 2항에 따른 장부가액 적용은 그대로 유지됩니다.

따라서 100% 자회사를 흡수합병할 때는 ‘자산의 장부가액 처리’를 규정하는 제44조 2항과 ‘합병 후 사후관리 요건(4항)’을 모두 검토해야 합니다.