비영리기관(대학·연구소 등)은 부가가치세 환급 대상이 아니므로, 연구비를 집행할 때 부가세를 별도로 환급받을 수 없습니다. 따라서 부가세를 포함한 총 집행금액이 그대로 연구개발비로 인정됩니다. 위탁연구비나 연구비카드 사용 시에도 부가세가 발생하지 않도록 공급가액만 등록하거나, 발생한 부가세는 비용으로 처리해야 합니다.