법인을 폐업하고 협동조합을 설립할 때, 법인에 있던 비품을 협동조합이 이전하는 경우 세무 처리는 어떻게 해야 하나요?

2025. 9. 17.

법인을 폐업하고 협동조합을 설립하면서 기존 법인의 비품(설비·재고·기계류 등)을 협동조합에 이전할 경우, 세무상 다음과 같은 절차와 주의점이 필요합니다.

법인 자산의 처분(양도) 인식: 폐업법인은 보유하고 있던 비품을 ‘양도’한 것으로 보아, 양도소득이 발생합니다. 양도소득은 법인세법 제31조(자산양도소득)·소득세법 제33조(양도소득세)에서 규정한 바와 같이, 양도가액(시가)과 장부가액(취득원가) 차액에 대해 법인세(또는 소득세)·부가가치세(해당 시) 등을 신고·납부해야 합니다.
양도소득세 면제·특례 적용 가능성: 비영리·공익 목적의 협동조합에 무상으로 자산을 이전하는 경우, 조세특례제한법 제31조(비영리법인에 대한 양도소득세 면제) 등에서 일정 요건을 충족하면 양도소득세가 면제될 수 있습니다. 다만, 협동조합이 비영리법인으로 인정받아야 하며, 이전 자산이 영리 목적이 아닌 공익 목적에 사용된다는 사실을 입증해야 합니다.
양도 시점의 장부 처리: 법인 회계에서는 비품을 양도일에 ‘양도손익’ 계정으로 처리하고, 협동조합은 동일 자산을 ‘기부받은 자산’(또는 ‘기부자산’)으로 인식합니다. 양도손익은 폐업 신고서에 포함되어야 하며, 협동조합은 기부받은 자산을 취득원가 0원으로 장부에 기록하되, 향후 감가상각 등을 적용할 수 있습니다.
부가가치세(VAT) 고려: 비품이 과세대상 재화·용역에 해당하고, 양도가 무상이라 하더라도 부가가치세가 발생할 수 있습니다. 부가가치세법 제31조(재화·용역의 공급)와 제33조(공급가액) 등에 따라, 양도 시점에 부가가치세를 신고·납부하거나, 면세·영세율 적용 여부를 판단해야 합니다.
폐업 신고와 협동조합 설립 신고: 법인 폐업 시에는 사업자등록 말소·폐업 신고(국세청 전자신고)를, 협동조합 설립 시에는 설립 등기·사업자등록 신청을 각각 별도로 진행합니다. 양도된 자산에 대한 세무조정 내역을 폐업 신고서에 첨부하고, 협동조합 설립 신고서에는 기부받은 자산 내역을 포함시켜야 합니다.