해운선박료에 부과된 부가가치세는 원칙적으로 매입세액 공제가 가능합니다. 부가가치세법 제31조는 사업자가 과세재화·용역을 구입·사용한 경우 그에 대한 매입세액을 공제할 수 있다고 규정하고 있으며, 해운선박료는 ‘운송료’에 해당하는 과세용역이므로 매입세액 공제 대상입니다. 다만, 해당 공사가 부가가치세 면세사업(예: 주택건설 등)이라면 공제가 제한될 수 있으니, 사업자가 과세사업자이며 적격 세금계산서(또는 적격 전자세금계산서)를 확보한 경우에만 공제가 허용됩니다.