영세율이 적용되는 거래라도 세금계산서 발급 의무가 있는 경우, 상대방이 외국 기업으로 사업자등록번호가 없는 경우에는 '미등록번호'로 설정하여 발급할 수 있습니다. 다만, 이는 세금계산서 발급 의무가 있는 경우에 해당하며, 직수출과 같이 세금계산서 발급이 면제되는 경우에는 해당되지 않습니다.
세금계산서는 사업자등록을 한 일반과세자만 발급할 수 있으며, 미등록사업자, 면세사업자, 영수증 발급 대상 간이과세자 및 폐업자는 발급할 수 없습니다. 하지만 공동매입·위탁판매 등 예외적인 경우에는 면세사업자나 고유번호를 부여받은 자가 거래상대방의 매입세액 공제를 위해 자신이 발급받은 세금계산서의 공급가액 범위 내에서 세금계산서를 발급할 수 있습니다.
영세율 적용 거래 중 세금계산서를 발급해야 하는 경우로는 내국신용장 또는 구매확인서에 의해 영세율을 적용받을 때, 한국국제협력단 등에 재화를 공급할 때 등이 있습니다. 반면, 세금계산서가 발급되지 않는 직수출의 경우 부가가치세 신고 시 해당 거래를 반영해야 합니다.