결론적으로, 특허법인에 지급하는 수수료가 사업과 직접적으로 관련이 없는 지출로 판단되는 경우 매입세액 공제가 되지 않습니다.
근거는 다음과 같습니다.
사업과의 직접적인 관련성: 부가가치세법에 따라 매입세액 공제를 받기 위해서는 해당 지출이 사업자의 과세사업과 직접적으로 관련이 있어야 합니다. 주식의 취득이나 매각과 관련된 용역은 일반적으로 부가가치세 과세 대상이 아니므로, 이에 대한 수수료는 사업과 직접 관련 없는 지출로 보아 매입세액 공제가 되지 않습니다.
특허권 관련 비용: 특허법인에 지급하는 수수료가 사업과 직접 관련이 없는 지출로 판단되는 경우, 즉 개인적인 목적이나 사업과 무관한 특허 출원 등에 대한 비용이라면 매입세액 공제가 불가능합니다. 이는 부가가치세법 제17조 제2항 제2호에 따라 사업과 직접 관련 없는 지출에 대한 매입세액은 공제되지 않기 때문입니다.
예외적인 경우: 다만, 법원의 판례에 따르면 주식 취득이 사업 확장이나 경영권 인수를 목적으로 하는 등 사업자의 과세사업과 밀접한 연관성이 있다고 인정되는 경우에는 매입세액 공제가 가능할 수 있습니다. 이는 단순히 주식을 사고파는 행위를 넘어 사업의 본질적인 목적 달성을 위한 필수적인 과정으로 판단될 때 공제가 인정될 수 있습니다. 특허법인 수수료의 경우에도, 해당 특허가 사업의 핵심 기술과 관련되어 사업 운영에 필수적인 경우라면 공제 가능성을 검토해볼 수 있습니다.