거래처에서 발행한 마이너스 세금계산서의 경우, 공급 시기가 속하는 과세기간의 확정신고 기한까지 적법하게 발급되었다면 가산세가 부과되지 않습니다. 그러나 발행 기한을 넘겨 발급하는 경우에는 공급가액의 1%에 해당하는 지연발급 가산세가 부과될 수 있습니다. 마이너스 세금계산서 역시 일반 세금계산서와 동일하게 취급되므로, 가산세 계산 시에는 마이너스 금액의 절대값을 기준으로 합니다.
다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세 면제 또는 감면이 가능할 수 있으므로, 구체적인 상황에 대해서는 세무서와 상담하시는 것이 좋습니다.