전자세금계산서와 전자계산서의 보관 기간은 동일하게 거래 사실이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한 후 5년간 보존해야 합니다. 다만, 전자세금계산서의 경우 국세청에 발급명세를 전송한 경우에는 별도의 보관 의무가 면제됩니다.
전자세금계산서 보관 관련 규정은 부가가치세법 제71조 제3항에 명시되어 있으며, 전자세금계산서 발급명세를 국세청에 전송하면 별도의 보관이 필요 없다는 단서 조항이 있습니다. 이는 전자세금계산서가 국세청 시스템에 저장되어 언제든지 조회 및 출력이 가능하기 때문입니다.
종이 세금계산서의 경우, 부가가치세법 시행령 제117조에 따라 원본 또는 사본 형태로 5년간 보관해야 합니다. 전자세금계산서와 달리 별도의 보관 의무가 존재합니다.