일반임대사업자가 설비공사를 진행하고 특수관계자에게 시가로 임대하는 경우, 해당 설비공사 비용에 대한 매입세액 공제 가능 여부는 공사 비용의 성격과 관련 법령에 따라 달라질 수 있습니다.
결론적으로, 설비공사 비용이 사업과 직접적으로 관련이 있고 적격 증빙을 갖춘 경우 매입세액 공제가 가능할 수 있습니다. 하지만 특수관계자와의 거래이므로, 세법에서는 이를 부당행위로 간주하여 시가와 다르게 거래가 이루어진 경우 세무상 불이익이 있을 수 있습니다.
근거는 다음과 같습니다:
매입세액 공제 요건: 부가가치세법에 따라 사업자가 재화 또는 용역을 공급받고 세금계산서 등 적격 증빙을 수취한 경우, 해당 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 있습니다. 다만, 사업과 직접 관련이 없는 지출이나 비영업용 소형승용차의 구입 및 유지에 관련된 매입세액 등은 공제받을 수 없습니다.
특수관계자와의 거래: 세법에서는 특수관계자와의 거래에 대해 시가와 다르게 거래할 경우 부당행위계산으로 보아 정상적인 거래로 간주하여 과세할 수 있습니다. 따라서 설비공사 비용을 실제 지출한 금액이 아닌 다른 금액으로 거래하거나, 공사 후 임대료를 시가보다 낮게 책정하는 경우 문제가 될 수 있습니다.
관련 판례 및 법령: 유사한 사례에서 법원은 사업과 직접 관련이 있고 적격 증빙이 갖추어진 경우 매입세액 공제를 인정하기도 하지만, 특수관계자와의 거래에서는 시가 준수 여부를 중요하게 판단합니다. 관련 법령으로는 부가가치세법 제38조(공제하는 매입세액) 및 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) 등이 있습니다.