비영리 단체에서 카드 단말기를 설치하고 운영하는 경우, 직접적으로 카드 단말기 설치 자체에 대한 세금 혜택은 없습니다. 하지만 비영리 단체의 활동으로 발생하는 수입에 대해 부가가치세 면제 혜택을 받을 수 있습니다. 또한, 비영리 단체가 공익을 목적으로 운영되고 관련 법령에 따라 지정된 경우, 기부금 영수증을 발급할 수 있으며, 이를 통해 기부자는 연말정산 시 세액공제 혜택을 받을 수 있습니다.
카드 결제를 통해 발생하는 수입은 비영리 단체의 고유 목적 사업과 관련된 경우 부가가치세가 면제될 수 있습니다. 다만, 면세 대상 여부는 해당 사업의 구체적인 내용과 관련 법령에 따라 달라질 수 있으므로, 정확한 내용은 세무 전문가와 상담하시는 것이 좋습니다.