영리기관과 비영리기관의 부가가치세 처리 방식에는 차이가 있습니다.
영리기관의 경우, 연구개발비로 인정되는 금액은 기본적으로 부가가치세를 제외한 공급가액입니다. 다만, 부가가치세 신고 시 해당 연구개발비 집행분을 '공제받지 못할 매입세액'으로 신고한 경우에는 부가가치세를 포함한 총 집행금액이 인정될 수 있습니다.
비영리기관은 일반적으로 부가가치세 환급 대상이 아니므로, 부가가치세를 포함한 총 집행금액이 연구개발비로 인정됩니다. 이는 비영리기관이 부가가치세를 환급받을 수 없기 때문입니다.