과세 사업과 면세 사업을 함께 운영하시는 경우, 각 사업의 특성에 맞게 세금 관리를 별도로 진행해야 합니다. 부가가치세의 경우, 과세 사업에서 발생한 매출에 대해서는 부가가치세를 신고 및 납부해야 하며, 면세 사업에서 발생한 매출에 대해서는 부가가치세 신고 의무가 없습니다. 다만, 면세 사업자라도 과세 사업을 겸업하게 되면 일반과세자와 동일하게 상반기와 하반기에 걸쳐 부가가치세 신고를 해야 합니다. 이 경우, 면세 매출액도 함께 신고해야 합니다. 종합소득세 신고 시에는 과세 사업과 면세 사업에서 발생한 모든 소득을 합산하여 신고해야 합니다. 또한, 사업자등록증상 업종 코드를 명확히 구분하고 관리하는 것이 중요합니다. 만약 면세 사업자가 과세 사업을 추가하게 된다면, 사업자등록정정신고를 통해 업태나 종목을 추가해야 합니다. 이 경우 별도의 사업자등록번호가 부여되는 것은 아니며, 기존 사업자등록증에 추가됩니다. 다만, 면세 품목과 과세 품목의 매입 및 매출 관리가 복잡해질 수 있으므로, 필요에 따라 별도의 사업자 등록을 고려할 수도 있습니다.