법인이 자기주식을 소각 목적으로 취득하는 경우, 원칙적으로 법인세법상 부당행위계산 부인 규정이 적용되지 않습니다. 이는 자본거래로서 법인의 순자산을 감소시키는 절차이며, 특수관계인에게 부당한 이익을 제공하는 거래로 보기 어렵기 때문입니다.
다만, 자기주식 취득 과정에서 상법상 절차를 위반하거나, 시가보다 현저히 높은 가액으로 취득하는 등 경제적 합리성을 결여한 경우에는 부당행위계산 부인 규정이 적용될 수 있습니다. 또한, 자기주식 취득 후 소각하지 않고 장기간 보유하거나 다른 목적으로 사용하는 경우에도 문제가 될 수 있습니다.