어린이집 운영 시 부가가치세는 일반적으로 신고 의무가 없습니다. 이는 민간 보육시설을 운영하는 어린이집이 부가가치세법상 과세사업자에 해당하지 않기 때문입니다. 다만, '매입처별세금계산서합계표'는 과세기간 종료 후 25일 이내에 관할 세무서장에게 제출해야 합니다. 이 제출은 환급을 위한 것이 아니며, 제출하지 않더라도 가산세는 없습니다.
또한, 영유아보육법에 따라 설치된 보육시설을 운영하는 개인이나 법인은 보육비에 대해 소득세나 법인세를 과세하지 않습니다. 하지만 허가를 받지 않고 운영하는 어린이집은 소득세가 과세될 수 있습니다. 직원을 고용한 어린이집의 경우, 원장 및 직원의 급여에 대한 근로소득세 원천징수 및 연말정산 등은 소득세 신고 의무가 있습니다.