주식매수선택권(스톡옵션) 행사 시 납부특례를 적용받는 경우, 행사 이익에 대한 소득세는 주식 매도 시점에 과세됩니다. 즉, 행사 시점에는 소득세가 과세되지 않고, 해당 주식을 매도하여 양도소득이 발생할 때 과거 행사 시점의 시가와 실제 매수가액의 차액을 취득가액으로 하여 양도소득세가 계산됩니다.
이는 조세특례제한법 제16조의4에 따라 벤처기업 임직원이 적격 주식매수선택권을 행사하고 일정 요건을 충족하는 경우 적용받을 수 있는 혜택입니다. 다만, 행사한 주식을 행사일로부터 1년 이내에 처분하는 경우에는 이 특례가 적용되지 않고 행사 시점에 근로소득으로 과세될 수 있습니다.