사업자번호가 다른 지점이 동일 지자체에 두 곳 있는데, 각각 월 급여 총액 1억 8천만원 미만이면 주민세 종업원분 납부 대상이 아닌 것이 맞나요?

네, 맞습니다. 각 사업장의 월 급여 총액이 1억 8천만 원 미만이라면 주민세 종업원분 납부 대상이 아닙니다.

주민세 종업원분은 최근 12개월간 전체 종업원에게 지급한 급여 총액의 월평균 금액이 1억 8천만 원을 초과하는 회사에 부과됩니다. 따라서 사업자번호가 다른 두 개의 지점이 각각 월 급여 총액 1억 8천만 원 미만이라면, 각 지점별로 납부 대상이 되지 않습니다.