비영리법인이 고유목적사업준비금을 세무조정으로 손금 산입하기 위해서는 해당 사업연도의 결산서에 비용으로 계상하거나, 세무조정계산서에 반영해야 합니다. 결산 확정 후에는 원칙적으로 경정청구를 통해 추가로 손금 산입하는 것이 어렵습니다.
세무조정 방법은 다음과 같습니다.
결산조정: 사업연도 종료일까지 고유목적사업준비금을 결산서상 비용으로 계상하는 방법입니다. 이 경우 법인세법상 손금산입 한도액을 초과하는 금액은 세무조정을 통해 손금불산입 처리됩니다.
신고조정: 결산서에 반영하지 않은 경우에도 세무조정계산서에 계상하여 손금 산입하는 방법입니다. 다만, 이 경우에도 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인은 이익처분 시 준비금으로 적립해야 손금으로 인정받을 수 있습니다. 이 또한 최초 신고 시점에 반영되어야 하며, 사후 경정청구를 통한 소급 적용은 어렵습니다.
고유목적사업준비금은 해당 사업연도 종료일로부터 5년 이내에 고유목적사업에 사용해야 하며, 사용하지 않은 금액은 익금산입되어 법인세가 부과될 수 있습니다.