사업의 포괄양수도가 인정되지 않을 경우, 해당 거래는 일반적인 재화의 공급으로 간주되어 부가가치세가 과세됩니다. 이 경우 양도인은 재화의 공급에 대한 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고 및 납부해야 하며, 양수인은 해당 부가가치세를 매입세액으로 공제받을 수 있습니다. 만약 포괄양수도 요건을 충족하지 못했음에도 불구하고 세금계산서가 발급되지 않았다면, 양도인에게는 공급가액에 대한 부가가치세와 함께 가산세가 부과될 수 있습니다. 또한, 권리금 등 영업권에 대한 부분이 있다면 이에 대한 세금 처리도 일반적인 경우와 달라질 수 있습니다.