주사업장 총괄납부 방식은 여러 사업장을 가진 사업자가 주된 사업장에서 부가가치세 납부만 총괄하여 처리하는 제도입니다. 반면 일반 납부 방식은 각 사업장별로 개별적으로 부가가치세를 신고하고 납부하는 방식입니다.
주사업장 총괄납부 제도를 이용하면 각 사업장별로 납부할 세액과 환급받을 세액을 합산하여 주된 사업장에서 한 번에 납부하거나 환급받을 수 있어 자금 운용의 편의를 높일 수 있습니다. 또한, 납부 기한을 놓칠 염려가 줄어드는 장점이 있습니다. 하지만 이 제도를 이용하더라도 부가가치세 신고는 각 사업장별로 개별적으로 해야 합니다.
일반 납부 방식은 사업장별로 독립적인 납세 의무를 이행하므로, 각 사업장의 세무 상태를 명확하게 파악하고 관리할 수 있다는 장점이 있습니다. 그러나 사업장이 여러 개인 경우 각 사업장별로 납부 및 신고 절차를 별도로 진행해야 하므로 다소 번거로울 수 있습니다.