개인투자조합이 벤처기업 주식을 취득한 후 해산 시 조합원에게 배분할 때, 해당 주식의 양도소득세 신고 및 납세 의무는 각 조합원에게 있습니다. 법인인 조합원은 양도소득세 대신 법인세를 신고해야 합니다. 조합이 주식을 매각한 경우, 분배 여부와 관계없이 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세를 신고 및 납부해야 합니다. 다만, 개인투자조합원은 특정 조건을 충족하면 양도소득세 비과세 혜택을 받을 수 있습니다.
또한, 개인투자조합의 업무집행조합원에게 지급되는 성과보수는 양도소득세 계산 시 필요경비로 공제될 수 없습니다. 대주주 해당 여부 판단 역시 각 조합원 기준으로 이루어집니다.