대표이사 상여 미처리 시 금전대여로 간주되어 법인세가 증가하는 경우, 해당 상여금은 원칙적으로 손금으로 인정받기 어렵습니다. 다만, 법인이 정관, 주주총회 또는 이사회의 결의에 따라 결정된 급여지급기준에 따라 상여금을 지급하고, 그 지급액이 해당 기준의 범위 내에 있다면 손금으로 인정받을 수 있습니다.
만약 지급된 상여금이 급여지급기준을 초과하거나, 실질적으로 이익처분에 해당하는 경우에는 손금으로 인정되지 않으며, 해당 금액은 대표이사에게 상여로 처분되어 소득세가 부과될 수 있습니다. 또한, 법인이 지배주주이거나 특수관계에 있는 임원에게 통상적인 수준을 초과하여 상여를 지급하는 경우에도 부당행위계산부인 규정에 따라 손금으로 인정되지 않을 수 있습니다.