네, 복지용구 판매 사업자가 종합소득세 신고 의무가 면제되더라도 부가가치세는 별도로 신고해야 합니다.
종합소득세는 사업자의 소득에 대해 부과되는 세금이며, 특정 복지 사업의 경우 소득세법에 따라 비과세 대상이 될 수 있습니다. 하지만 부가가치세는 사업자가 재화나 용역을 공급할 때 발생하는 부가가치에 대해 부과되는 세금으로, 종합소득세와는 별개의 세목입니다. 따라서 종합소득세 신고 의무가 면제되는 복지용구 판매 사업이라 할지라도, 부가가치세법에 따라 부가가치세 과세 대상이 되는 재화나 용역을 공급하는 경우에는 부가가치세를 신고하고 납부해야 합니다.
다만, 복지용구의 판매 또는 대여 형태, 그리고 해당 사업장이 장기요양기관으로 등록되었는지 여부에 따라 부가가치세가 면세되거나 영세율이 적용될 수 있습니다. 이러한 경우에도 면세 또는 영세율 적용 대상임을 명확히 하여 부가가치세 신고를 해야 합니다.