연말정산 시 의료비 등 항목에서 과다공제를 받아 지급명세서를 수정 제출하는 경우, 원천징수의무자(회사)의 귀책사유로 인한 것이라면 원천징수납부지연가산세가 발생할 수 있습니다. 하지만 근로자 본인이 직접 수정 신고하는 경우에는 별도의 가산세가 부과되지 않습니다.
만약 과다공제 사실을 인지하고 수정 신고를 하는 경우, 신고 및 납부 지연 기간에 따라 가산세 감면 혜택을 받을 수 있습니다. 예를 들어, 신고 기한 경과 후 1개월 이내에 수정 신고 및 납부 시 가산세의 90%가 감면됩니다. 그러나 과세관청으로부터 경정 통지를 받은 후 수정 신고하는 경우에는 가산세 감면 혜택을 받을 수 없으므로, 과다공제 사실을 인지한 즉시 신속하게 수정 신고 및 납부를 진행하는 것이 중요합니다.