연말정산 시 근로자 본인이 부담한 연금보험료는 소득공제가 가능하지만, 사용자가 부담한 보험료는 원칙적으로 소득공제 대상에 포함되지 않습니다. 다만, 사용자가 부담한 보험료 중 단체보장성보험에 해당하는 경우 근로자의 급여에 포함되지 않으며 보험료 공제 대상에서도 제외됩니다.
근로자가 해당 과세기간에 부담한 건강보험료, 고용보험료, 노인장기요양보험료는 근로소득금액에서 공제됩니다. 이는 보험료 납입일이 속하는 과세기간에 공제받을 수 있습니다. 국민건강보험료의 경우, 다음 해 3월에 정산하여 차액을 납부하는 경우 실제 납부하는 때가 속하는 과세기간에 소득공제가 가능합니다. 또한, 근로자가 근로 제공 기간 중에 지역가입자로서 납부한 국민건강보험료나 근로소득 외 소득으로 추가 부담하는 소득월액 보험료도 연말정산 시 공제 대상에 포함될 수 있습니다. 하지만 부양가족 명의로 납부한 지역 국민건강보험료는 근로자가 공제받을 수 없습니다.