직원의 종합소득세 환급은 원칙적으로 사업주가 직접 해주는 것이 아니라, 직원이 직접 세무서에 신고하여 환급받아야 합니다.
다만, 직원이 퇴직한 경우에는 퇴직 시 급여를 지급할 때 연말정산 결과에 따른 환급세액이 있다면 이를 함께 지급해야 합니다. 만약 퇴직한 회사에서 환급세액을 지급하지 않는 경우, 세법상 이를 강제할 수단은 없습니다. 따라서 직원은 직접 전 근무지로부터 환급을 받아야 합니다.
또한, 연말정산 시 누락된 소득공제를 추가하여 다음 해 5월 말까지 근로자 본인이 직접 종합소득세 신고를 하면, 납부한 세액 범위 내에서 세무서로부터 환급받을 수 있습니다.