프리랜서 소득에 대해 3.3% 원천징수 후 사업자 등록을 하셨다면, 사업자 등록 시점부터는 세금계산서 발행이 가능합니다. 다만, 원천징수된 소득에 대해 거래처에 세금계산서 발행을 소급하여 요청하거나 거래명세서를 수정하는 것은 일반적인 절차상 어렵습니다.
사업자 등록을 하시면 사업자로서의 지위를 가지게 되므로, 향후 발생하는 소득에 대해서는 세금계산서를 발행해야 합니다. 이미 원천징수된 소득에 대해서는 해당 원천징수 내역을 바탕으로 종합소득세 신고를 진행하시면 됩니다. 만약 사업자 등록 전에 발생한 거래에 대해 세금계산서 발행이 꼭 필요하다면, 거래처와 협의하여 별도의 합의가 이루어져야 할 수 있습니다.
종합소득세 신고 시에는 사업자 등록 전 프리랜서 소득과 사업자 등록 후 사업소득을 구분하여 신고해야 할 수 있으며, 이 과정에서 세무 전문가의 도움을 받는 것이 정확하고 효율적입니다.