지급명세서를 허위로 제출하는 경우, 사업주는 조세범 처벌법에 따라 처벌받을 수 있습니다. 특히, 근로소득 원천징수영수증을 거짓으로 발급하거나 근로소득 지급명세서를 거짓으로 작성하여 세무서에 제출하는 행위는 처벌 대상이 될 수 있습니다. 다만, 이러한 처벌은 '근로장려금 부정수급 목적'이 있었는지 여부에 따라 적용 여부가 달라질 수 있습니다. 예를 들어, 근로장려금 부정수급 목적 없이 단순히 가공 인건비를 계상하기 위해 지급명세서를 거짓으로 제출한 경우, 개정 전 조세범 처벌법에 따라 처벌 대상이 되지 않을 수 있습니다. 또한, 허위로 작성된 지급명세서를 통해 가공 인건비를 계상하고 이를 근로장려금 신청에 활용한 경우에도 처벌 범위가 달라질 수 있으므로 구체적인 사실관계에 따라 판단이 필요합니다.
이 외에도, 실물 거래 없이 세금계산서 등을 거짓으로 수취하여 과세표준을 과소 신고하거나, 장부 및 기록을 고의로 파기하는 행위 등도 관련 법규에 따라 처벌받을 수 있습니다.