프리랜서의 경우, 일반적으로 연말정산 대상이 아니며 5월에 종합소득세 신고를 통해 세금을 정산합니다. 연말정산은 회사에서 급여를 받는 근로소득자를 대상으로 하며, 회사가 근로자의 세금을 대신 정산하는 절차입니다. 프리랜서는 급여에서 3.3%의 세금이 원천징수되지만, 이는 임시 징수된 세금이며 최종 세금은 5월 종합소득세 신고를 통해 확정됩니다. 신고 결과 이미 납부한 세금이 더 많으면 환급받고, 적으면 추가 납부하게 됩니다.
다만, 프리랜서로 활동하다가 중도 퇴사하여 근로소득이 있는 경우, 또는 프리랜서 활동과 근로소득이 함께 있는 경우에는 연말정산과 종합소득세 신고를 모두 고려해야 할 수 있습니다. 이 경우, 근로소득에 대한 연말정산은 회사에서 진행하고, 프리랜서 소득에 대한 종합소득세 신고는 5월에 별도로 진행해야 합니다.