판매 목적이 아닌 본점-지점 간 거래의 경우, 거래의 실질에 따라 회계 처리 및 증빙 관리가 필요합니다. 예를 들어, 운영 자금 등 사업과 관련된 자금 이동은 본점과 지점 간 임시 계정을 설정하여 장부에 기록할 수 있습니다. 업무와 관련 없는 비용을 주고받는 경우에는 가지급금 또는 가수금 등으로 회계 처리할 수 있습니다. 법인 결산 시에는 외상대금 및 기타 부채 등의 잔액을 맞추는 과정을 거치므로, 평소 본점과 지점 간의 거래 내용을 명확히 관리하는 것이 중요합니다.
세금계산서 발행은 판매 목적의 재화 거래에 해당하지 않는 경우 일반적으로 필요하지 않습니다. 다만, 용역 제공의 경우에도 부가가치세 과세 대상이 아니므로 세금계산서 발행 의무는 없습니다.