연구비 카드로 결제한 금액에 포함된 부가가치세의 환급 가능 여부는 연구를 수행하는 기관의 성격에 따라 달라집니다.
영리기관(일반 기업 등)의 경우: 일반적으로 부가가치세 환급액을 제외한 공급가액만이 연구개발비로 인정됩니다. 다만, 부가가치세 신고 시 해당 연구개발비 집행분을 '공제받지 못할 매입세액'으로 신고한 경우에는 부가가치세를 포함한 총 집행 금액이 연구개발비로 인정될 수 있습니다. 이 경우 연구 기간 내 매 분기별 부가가치세 신고서 사본과 구입 건별 리스트를 제출해야 합니다. 연구비 카드 영수증에 공급가액과 부가세가 구분되어 있더라도 모든 부가세가 매입세액으로 처리되는 것은 아니므로 주의가 필요합니다.
비영리기관(대학, 연구소 등)의 경우: 부가가치세 환급 대상 기관이 아니므로, 부가가치세를 포함한 총 집행 금액이 연구개발비로 인정됩니다.