기업 입장에서 면세사업자가 세금계산서 대신 계산서만 발행하는 것은 세금계산서의 매입세액 공제 기능을 활용할 수 없기 때문에 불편할 수 있습니다. 간이과세자의 경우, 면세 공급에 대해서는 계산서를 발행할 수 있습니다. 하지만 과세 대상 재화나 용역을 공급하는 경우에는 일반 사업자와 동일하게 세금계산서를 발행해야 합니다.
면세사업자가 계산서만 발행하는 경우, 거래 상대방인 기업은 해당 거래에 대해 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 없습니다. 이는 기업의 입장에서는 추가적인 세금 부담으로 이어질 수 있어 불편하게 느껴질 수 있습니다. 간이과세자는 매출액 규모에 따라 세금계산서 발행 의무가 달라지며, 면세 공급에 대해서는 계산서 발행이 가능합니다.