면세사업자가 과세사업을 겸업하는 경우, 매입세액 공제는 다음과 같이 적용됩니다.
과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자는 매입세액을 실지귀속에 따라 구분하여 공제받아야 합니다. 즉, 과세사업에 직접 사용된 매입세액은 전액 공제 가능하지만, 면세사업에 직접 사용된 매입세액은 공제받을 수 없습니다.
과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 경우, 해당 과세기간의 총 공급가액 중 면세 공급가액이 차지하는 비율에 따라 안분 계산하여 면세사업에 해당하는 부분은 공제받지 못하고, 과세사업에 해당하는 부분만 공제받게 됩니다.
다만, 해당 과세기간의 면세 공급가액이 총 공급가액의 5% 미만이거나 공통매입세액이 5만원 미만인 경우에는 안분계산을 생략할 수 있습니다.