수익사업을 하지 않는 비영리단체는 일반적으로 부가가치세 신고 의무가 없습니다. 이는 해당 단체가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 현금으로 받는 경우에 사업자가 발급하는 현금영수증 발급 의무가 없으며, 부가가치세 납세의무 또한 없기 때문입니다. 따라서 별도의 부가가치세 신고서를 제출할 필요는 없습니다.
다만, 만약 해당 비영리단체가 수익사업을 개시하여 사업자등록을 한 경우에는 현금영수증 발급 및 부가가치세 신고 의무가 발생할 수 있습니다. 또한, 수익사업이 없더라도 매입세금계산서를 수취한 경우에는 관할 세무서장에게 매입세금계산서와 합계표를 제출해야 합니다. 이 경우 세금계산서 기재 오류나 합계표 미제출에 대해서는 가산세가 부과되지 않습니다.