여행사를 통해 항공권을 구매하신 경우, 항공권 자체에 대해서는 부가가치세 매입세액 공제가 불가능합니다. 이는 여객운송용역이 원칙적으로 면세 대상이거나, 과세 대상이라 하더라도 세금계산서 발행이 제한되기 때문입니다.
다만, 여행사가 항공권과 별도로 여행 알선 수수료를 구분하여 청구하고 이에 대한 세금계산서를 발행한 경우에는 해당 알선 수수료에 대해서는 매입세액 공제가 가능합니다.
업무상 출장으로 항공권을 구매하셨더라도 부가세 공제가 되지 않는 경우, 해당 항공권 비용(부가세 포함)은 전액 비용으로 처리하여 소득세 또는 법인세 신고 시 필요경비로 인정받을 수 있습니다.