일반적으로 근로자가 연말정산을 통해 종합소득세를 수정 신고하는 경우, 회사(원천징수의무자)가 별도로 원천세 수정 신고를 해야 하는 것은 아닙니다.
연말정산은 근로소득에 대한 최종 세액을 확정하는 절차이며, 근로자 본인이 직접 수정 신고를 진행하는 경우 해당 근로자의 소득에 대한 세금 정산이 이루어집니다. 회사는 이미 연말정산을 완료하여 원천세 신고를 마쳤기 때문에, 근로자의 개별적인 수정 신고에 따라 회사가 다시 원천세 신고를 할 의무는 발생하지 않습니다.
다만, 만약 회사가 연말정산 과정에서 근로소득 지급명세서를 잘못 기재했거나 누락한 부분이 있다면, 회사는 해당 지급명세서를 수정하여 제출해야 할 수 있습니다. 이 경우 가산세가 부과될 수 있습니다.