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    의료기관에 지급하는 비용에 대한 부가가치세 처리 방법을 알려주세요.

    2025. 12. 24.

    의료기관에 지급하는 비용 중 건강검진과 같이 부가가치세가 면제되는 항목이 있으며, 일부 비급여 진료 등은 과세 대상이 될 수 있습니다. 따라서 의료기관에 지급하는 비용의 부가가치세 처리는 해당 비용이 면세 대상인지 과세 대상인지에 따라 달라집니다.

    면세 대상 의료 용역:

    • 국민건강보험법에 따른 요양급여 대상 진료 (진찰, 입원, 수술 등)
    • 질병의 예방, 진단 및 치료를 직접 목적으로 하는 의료 용역 (단, 일부 비급여 항목 제외)
    • 건강검진 (산업안전보건법 또는 국민건강보험법에 따른 의무 검진 포함)
    • 반려동물 진료 용역 (일부 예방 목적 및 치료 목적 포함, 단 완제품 형태의 제제 단순 구입은 과세)

    과세 대상 의료 용역:

    • 성형수술, 미용 목적의 시술 등 건강보험 비급여 항목 중 과세로 분류되는 진료 용역
    • 공익법인이 소유한 체육시설 이용료
    • 의료기관에서 판매하는 의약품 외의 물품 (예: 건강기능식품, 화장품 등)

    면세 대상 의료 용역에 대한 비용은 부가가치세가 부과되지 않으므로 매입세액 공제가 불가능합니다. 반면, 과세 대상 의료 용역에 대한 비용은 부가가치세가 부과되며, 사업과 관련이 있는 경우 매입세액 공제가 가능할 수 있습니다.

    정확한 부가가치세 처리를 위해서는 해당 비용이 면세인지 과세인지 여부를 구체적으로 확인하는 것이 중요합니다.

    지수회계법인
    정성훈 회계사가 검증한 답변이에요.
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