비영리법인이 수익사업을 시작하게 되면, 해당 수익사업에서 발생하는 소득에 대해 법인세 납세 의무가 발생합니다. 따라서 수익사업과 비수익사업(고유목적사업)을 명확히 구분하여 회계 처리해야 합니다.
수익사업과 관련된 지출에 대해서는 증빙을 수취해야 하며, 증빙이 누락될 경우 가산세가 부과될 수 있습니다. 또한, 수익사업에서 발생한 소득에 대해서는 법인세법에 따른 세율이 적용됩니다.
기부금의 경우, 법인의 사업과 직접적인 관련 없이 무상으로 지출하는 금액을 의미하며, 원칙적으로 손금으로 인정되지 않습니다. 다만, 법인세법에서 정한 특례기부금이나 일반기부금에 해당하는 경우, 일정 한도 내에서 손금으로 인정받을 수 있습니다.
고정자산 처분으로 인한 수입은 원칙적으로 법인세 과세 대상 수익사업 소득에서 제외되지만, 비영리법인이 수익사업에 속하는 고정자산을 고유목적사업으로 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 취득가액으로 하여 처분으로 인한 수입을 계산하게 됩니다. 이 경우, 고유목적사업회계로 전입 이후 발생한 처분수입만 비과세되며, 최초 취득가액에서 고유목적사업회계로 전입 시의 시가 상당액에 해당하는 처분수입은 과세될 수 있습니다.