세금 미납으로 인해 사업자 등록이 직권으로 폐업될 경우, 사업을 더 이상 지속할 수 없게 되며 세금 신고 및 납부 의무는 계속되어 가산세 및 연체세 등 추가적인 세금 부담이 발생할 수 있습니다. 또한, 매입세액 공제가 불가능해져 세금 절감 효과를 얻을 수 없으며, 사업자등록이 없으므로 세금계산서 발행이 불가하여 거래 상대방에게 신뢰도 저하 및 거래 제한이 발생할 수 있습니다. 더불어 사업명 사용 제한, 재개업 시 절차 복잡, 기존 사업과 연계된 계약 및 대출 등에 불이익이 발생할 수 있습니다.
직권 폐업된 사업자로부터 세금계산서를 발급받은 경우, 원칙적으로 부가가치세 매입세액 공제가 불가능합니다. 다만, 직권 폐업 사실을 알지 못한 채 사업을 계속하여 세금계산서를 발급받았다면, 세무서에서 사업의 계속 여부를 확인하여 폐업된 사업자를 다시 살려주는 경우 매입세액 공제가 가능할 수도 있습니다.