결론적으로, 과세사업자가 면세사업자에게 보건관리대행료를 선계약으로 납부하고 원청에 대행료를 청구할 때, 원청에는 면세계산서가 아닌 세금계산서를 발행해야 합니다.
근거는 다음과 같습니다.
따라서, 질문자님께서 면세사업자에게 보건관리대행료를 지급하셨더라도, 원청에 대행료를 청구하실 때는 부가가치세를 포함한 금액으로 세금계산서를 발행하셔야 합니다. 만약 면세사업자로부터 받은 금액이 부가세가 포함되지 않은 금액이라면, 질문자님께서 부담하셔야 할 부가세만큼 손해가 발생할 수 있습니다.