원천세 반기납부 시, 반기는 소득세법에 따라 지급 기준으로 나뉩니다. 즉, 원천징수 대상 소득을 실제로 지급하는 날을 기준으로 상반기(1월~6월)와 하반기(7월~12월)로 구분하여 신고 및 납부하게 됩니다.
원천징수 의무자는 직전 과세기간의 상시 고용 인원이 평균 20명 이하인 경우 관할 세무서장의 승인을 받거나 국세청장의 지정을 받아 반기별 납부 제도를 이용할 수 있습니다. 이 경우에도 원천징수세액은 지급일이 속하는 반기의 마지막 달의 다음 달 10일까지 납부해야 합니다.