자회사 직원이 모회사 업무를 겸직할 때 인건비 배분 기준은 어떻게 되나요?

자회사 직원이 모회사 업무를 겸직할 때 인건비 배분은 각 회사에 기여하는 업무량에 따라 합리적으로 이루어져야 합니다. 단순히 절반씩 나누는 것이 아니라, 실제 업무 시간, 업무의 중요도, 각 회사와의 계약 내용 등을 종합적으로 고려하여 결정해야 합니다.

만약 모회사에서 인건비를 전액 부담하고 자회사에 청구하는 경우, 법인세법상 부당행위계산 부인 규정이 적용될 수 있습니다. 이는 모회사가 자회사가 부담해야 할 비용을 대신 지급한 것으로 간주되어, 해당 금액만큼 비용으로 인정받지 못하고 세금이 추가될 수 있습니다.

따라서, 자회사 직원이 모회사 업무를 겸직하는 경우, 다음과 같은 방법으로 인건비를 배분하는 것이 바람직합니다.

1. 용역 공급 계약 체결: 모회사와 자회사 간에 용역 공급 계약을 체결하고, 자회사 직원이 모회사 업무를 수행한 대가를 자회사가 모회사에 지급하는 방식입니다. 이를 통해 정당한 거래로 인정받아 부당행위계산 부인 규정 적용을 피할 수 있습니다.
2. 업무량에 따른 합리적 배분: 각 회사에 기여하는 업무 시간, 업무의 중요도 등을 객관적으로 산정하여 인건비를 배분합니다. 업무일지, 근로계약서, 내부 급여 규정 등을 근거 자료로 확보하는 것이 중요합니다.

이러한 인건비 배분은 세무상 문제를 예방하고 절세를 위한 중요한 과정이므로, 관련 법규 및 판례를 면밀히 검토하고 전문가와 상담하여 구체적인 방안을 마련하는 것이 좋습니다.