공사 계약금에 대한 세금계산서는 원칙적으로 계약금 지급 시점에 발행해야 합니다. 다만, 공사 기간이 6개월 이상이고 대가를 분할하여 지급하는 중간지급조건부 계약의 경우, 계약금 지급일, 중도금 지급일, 잔금 지급일 등 약정된 대금 지급일에 각각 세금계산서를 발행해야 합니다. 완공 후에 계약금에 대한 세금계산서를 발행하는 것은 공급 시기를 위반한 것이므로 가산세 등의 불이익이 발생할 수 있습니다.
만약 공사 지연 등으로 계약 기간이 변경되어 중간지급조건부 계약으로 변경된 경우에는, 계약 변경일을 기준으로 이전 지급분에 대한 세금계산서를 발행하고, 이후에는 변경된 계약 내용에 따라 대가를 받기로 한 시점에 세금계산서를 발행해야 합니다.