홈택스 외에 다양한 전자세금계산서 발급 시스템에서 사용 가능한 공동인증서는 사업자범용 공동인증서와 전자세금계산서용 공동인증서입니다. 이 두 종류의 인증서는 홈택스를 포함하여 전자세금계산서 발급 시스템이 있는 모든 사이트에서 이용할 수 있습니다.
다만, 인증기관이 민간 사이트와 계약을 통해 발급하는 ASP(Application Service Provider)용 공동인증서는 원칙적으로 계약된 사이트에서만 유효합니다. 하지만 해당 인증기관이 이 인증서를 홈택스 적용 신청하는 경우, 홈택스에서도 이용이 가능합니다.