고용이 승계되어 합병된 회사에서 연말정산을 진행할 경우, 합병법인에서 피합병법인의 근로소득과 원천징수 내역을 전 근무지의 소득 및 기납부세액으로 구분하여 합산해야 합니다. 단순히 합병된 회사(합병법인)의 소득만 합산하여 연말정산을 진행하는 것은 소득세법상 올바른 절차가 아닙니다.
합병법인은 피합병법인이 지급한 근로소득과 원천징수 내역을 근로소득원천징수영수증에 전 근무지의 소득 및 기납부세액으로 구분하여 기재해야 합니다. 또한, 합병등기일 이전에 퇴사한 근로자에 대한 근로소득 지급명세서는 합병법인 또는 피합병법인 명의로 제출해야 합니다.