네, 간이과세자인 아버지의 의료비도 종합소득세 신고 시 공제받으실 수 있습니다.
종합소득세 신고 시 의료비 세액공제는 기본공제대상자를 위해 지출한 의료비를 대상으로 합니다. 여기서 기본공제대상자는 나이와 소득 요건을 충족하지 못하더라도, 생계를 같이하는 부양가족이라면 의료비 공제가 가능합니다.
따라서 연세가 60세가 넘으셨고 간이과세자로 소득이 300만원 미만이신 아버지는 질문자님의 기본공제대상자에 해당될 가능성이 높으므로, 아버지를 위해 지출하신 의료비는 공제 대상이 될 수 있습니다. 다만, 동일한 부양가족을 다른 사람이 기본공제대상자로 지정한 경우에는 해당 부양가족을 위해 지출한 의료비는 공제받으실 수 없습니다.
또한, 의료비 세액공제는 총급여액의 3%를 초과하는 금액에 대해서만 적용됩니다.