실질과세 원칙은 명의와 관계없이 실질적인 귀속자에게 세금을 부과하는 원칙입니다. 따라서 법인과 개인 중 조세의 실질적인 귀속자에게 세금이 부과됩니다.
개인사업자의 경우, 사업소득의 인출이나 유보에 대해 별도의 소득처분 없이 개인의 소득으로 간주되어 추가 과세 문제가 발생하지 않습니다. 그러나 법인의 경우, 법인과 대표자, 주주 등이 별개의 인격체이므로 법인의 소득을 법인 외의 자에게 귀속시키기 위해서는 법인세법상 상여 또는 배당 처분 등 소득처분이 필요합니다.
만약 법인이 부당행위계산 부인 규정을 적용받아 시가와 대가 차액을 익금산입하고 배당, 상여 등으로 소득 처분하는 경우, 거래 상대방인 개인에게 관련 소득세가 과세될 수 있습니다. 또한, 개인이 특수관계인의 부동산을 무상으로 사용하거나 시가보다 낮은 가액으로 임차하여 이익을 얻은 경우, 그 이익에 상당하는 금액에 대해 증여세가 과세될 수 있습니다.