복식부기 의무자에게 직접적으로 적용되는 세액공제는 없으나, 복식부기 의무자가 간편장부 대상자임에도 불구하고 복식부기 방식으로 장부를 작성하고 신고하는 경우 기장세액공제를 받을 수 있습니다. 이 경우 종합소득세 산출세액의 20%를 공제받을 수 있으며, 최대 100만원까지 한도가 적용됩니다.
또한, 복식부기 의무자가 사업용계좌를 신고하지 않거나, 일부 사업장에 대해 추계신고를 하는 경우 등 특정 요건을 충족하지 못하면 고용증대세액공제나 중소기업 사회보험료 세액공제와 같은 일부 세액공제 적용이 배제될 수 있습니다.