부가가치세 신고 시 신고세액을 99만원으로 신고하고 납부기한에 100만원을 납부한 후 3일 뒤 정당신고세액이 100만원임을 발견했을 때 어떻게 해야 하나요?

부가가치세 신고 시 신고세액을 99만원으로 잘못 신고하고 납부기한에 100만원을 납부한 후, 3일 뒤 정당 신고세액이 100만원임을 인지하셨다면 다음과 같이 처리하셔야 합니다.

결론:

납부기한 내에 100만원을 납부하셨으므로, 이미 납부해야 할 세액 전액을 납부하신 상태입니다. 따라서 추가적인 납부나 가산세 발생은 없습니다. 다만, 신고서상의 과소신고된 부분에 대해서는 수정신고를 통해 바로잡아야 합니다.

근거:

1. 납부 완료: 납부기한인 2026년 1월 26일까지 100만원을 납부하셨으므로, 납부 지연에 따른 가산세는 발생하지 않습니다. 이미 납부해야 할 세액 전액을 납부하신 것으로 간주됩니다.

2. 수정신고 필요: 신고서상의 과세표준 및 납부세액이 실제보다 적게 신고된 경우이므로, 수정신고를 통해 정확한 세액을 반영해야 합니다. 이는 납세자의 의무이며, 추후 세무조사 등에서 문제가 되는 것을 방지하기 위함입니다.

3. 수정신고 절차:

   • 국세청 홈택스 또는 세무서에 비치된 수정신고서 서식을 이용하여 신고합니다.
   • 당초 신고한 내용과 수정하려는 내용을 명확히 구분하여 작성합니다.
   • 수정신고 시에는 과소신고에 따른 가산세가 발생할 수 있으나, 납부기한 내에 납부하였고 수정신고를 자진하여 하는 경우 가산세 감면 혜택을 받을 수 있습니다. (국세기본법 제47조의3, 제48조 참조)

참고:

• 수정신고는 법정신고기한 경과 후 5년 이내에 할 수 있습니다. (국세기본법 제45조)
• 수정신고 시에는 과소신고가산세가 발생할 수 있으나, 납부기한 내에 납부하였으므로 납부지연가산세는 적용되지 않습니다. (정보 참조: 경정청구 등의 결정에 따라 납부할 세액이 없는 경우 납부지연가산세는 적용되지 않음)

따라서, 이미 납부하신 100만원은 정당한 세액으로 처리되며, 신고서상의 과소신고된 1만원에 대해서는 수정신고를 진행하시면 됩니다.