면세사업자와 과세사업자를 동시에 운영할 때 부가세 매입세액 공제는 어떻게 처리하나요?

과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 매입세액 공제는 다음과 같이 처리됩니다.

결론: 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자는 매입세액을 실지 귀속에 따라 구분하여 공제받아야 하며, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 공급가액 비율에 따라 안분계산하여 과세사업에 해당하는 부분만 공제받을 수 있습니다.

근거:

1. 실지 귀속에 따른 공제: 매입한 재화나 용역이 과세사업 또는 면세사업 중 어느 한쪽에만 사용되는 것이 명확한 경우에는 해당 사업에 사용된 매입세액만 공제받을 수 있습니다.
2. 공통매입세액 안분계산: 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 다음과 같은 산식에 따라 안분계산합니다.
   • 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × (면세 공급가액 / 총 공급가액)
   • 이때, 총 공급가액은 과세 공급가액과 면세 공급가액을 합한 금액입니다.
3. 안분계산 생략: 해당 과세기간의 총 공급가액 중 면세 공급가액이 5% 미만이거나, 공통매입세액이 5만원 미만인 경우에는 안분계산 절차를 생략하고 전체 매입세액을 공제받을 수 있습니다. 다만, 이 경우에도 면세사업에만 사용되는 것이 명확한 매입세액은 공제받을 수 없습니다.
4. 면세사업 관련 감가상각자산의 과세사업 전환 시: 면세사업과 관련하여 매입세액이 공제되지 않은 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우, 해당 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간에 매입세액을 공제받을 수 있습니다. 공제되는 세액은 취득 당시 면세사업 관련 공제되지 아니한 매입세액에서 경과된 과세기간 수를 고려하여 계산됩니다.