1기와 2기 부가가치세 신고 시 공통매입세액 안분 및 정산 시 같은 연도의 1기, 2기 비율을 비교하는 것이 맞는지?

네, 맞습니다. 부가가치세 신고 시 공통매입세액 안분 및 정산 시 같은 연도의 1기(예정신고)와 2기(확정신고)의 비율을 비교하여 정산하는 것이 원칙입니다.

부가가치세법 시행령 제61조 제1항에 따라 예정신고 시에는 예정신고기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분계산하고, 확정신고 시에는 해당 과세기간(1기 예정신고분과 2기 확정신고분 전체)의 총공급가액에 대한 면세공급가액 비율로 정산하게 됩니다.

따라서 1기 예정신고 시 안분계산했던 공통매입세액은 2기 확정신고 시 해당 연도의 총공급가액 비율을 기준으로 다시 계산하여 정산하게 됩니다. 이는 예정신고 시의 비율과 실제 확정신고 시의 비율 간의 차이를 조정하여 정확한 부가가치세를 납부하도록 하기 위함입니다.